U
zrodu Židovského muzea v roce 1906 stáli historik dr. Salomon Hugo Lieben
a dr. August Stein, představitel českožidovského hnutí a pozdější předseda
pražské židovské obce. Původním záměrem bylo zachovat cenné umělecké
předměty z pražských synagog, které byly v rámci přestavby Židovského
města počátkem 20. století zbořeny.
Po okupaci Čech a Moravy
15. března 1939 bylo muzeum pro veřejnost uzavřeno. V roce 1942 nacisté
zřídili Ústřední židovské muzeum, kam byly soustředěny umělecké předměty
ze všech zrušených židovských obcí a synagog Čech a Moravy. Jeho založení
navrhl Dr. Karel Stein, který se ve spolupráci s dalšími odbornými pracovníky
snažil zachránit židovské památky ohrožené probíhající konfiskací židovského
majetku. Nacisté po dlouhých jednáních projekt ústředního muzea schválili,
i když byli vedeni jinými záměry než jeho tvůrci. Po 2. světové válce
Židovské muzeum přešlo pod správu Rady židovských náboženských obcí
v ČSR. V roce 1950 pak bylo pod nátlakem převedeno do vlastnictví státu,
v němž od roku 1948 vládla komunistická diktatura. Působení takto vzniklého
Státního židovského muzea bylo poznamenáno řadou omezení, jež muzeu
znemožňovala plně vyvíjet odbornou, expoziční, výzkumnou a osvětovou
činnost. Po pádu komunistického režimu v roce 1989 se vytvořily podmínky,
které vedly ke změně postavení muzea. K 1. říjnu 1994 byly budovy vráceny
Židovské obci v Praze a sbírky Federaci židovských obcí ČR a současně
vzniklo Židovské muzeum v Praze jako nestátní instituce. 